Можно было показать, что мозг пограничных пациентов частично работает иначе, чем мозг здоровых людей. Изменения активности наблюдались в миндалевидном теле (ядре миндаля), области мозга, которая, помимо прочего, отвечает за обработку стресса, сигналов опасности и страхов. Эта структура мозга меньше у пограничных пациентов и также вызывает перевозбуждение.